Acredite ou não, mas no iPhone a única opção nativa de excluir ligações feitas ou recebidas é limpar a lista completa, ou seja, ou apaga tudo ou não apaga nada. Não há opção de exclusão de um registro individual na lista de ligações recentes.
Se por algum motivo você deseja essa função, saiba que existe como desde que você tenha feito o Jailbreak do seu iPhone.
Abra o Cydia e procure pelo aplicativo “Recent/CallLog Delete”, que adiciona um botão “Edit” na tela de ligações recentes e permite a exclusão, da forma que deveria ser. Nesse site existe alguns screenshots do aplicativo em funcionamento.
O programa custa $1,49 (dólar).

